Pendirian Dana Pensiun PERUSAHAAN PELABUHAN DAN PENGERUKAN bermula dari pendirian Yayasan Bersama Dana Pensiun PERUSAHAAN UMUM PELABUHAN I, II, III, IV dan PERUSAHAAN UMUM PENGERUKAN (YP4), yang didirikan oleh S.F. Makalew, Drs. Sabirin S., Drs. Soegianto, F.R. Masengi dan J.M Manusama.
YP4 tersebut dibentuk berdasarkan Akta Notaris Nomor: 120 tanggal 26 Nopember 1986 Notaris Kartini Mulyadi, S.H., Lembaran Negara Nomor: 5 tahun 1987 dan kemudian diperbaharui dengan Akta Notaris Sugiri Kadarisman, S.H. Nomor: 20 tanggal 20 Oktober 1989, Lembaran Negara Nomor: 57 tahun 1989, yang pembentukannya mendapatkan persetujuan Menteri berdasarkan surat Nomor: S-049/KMK-13/1989, tanggal 13 Januari 1989. Dewan Pengurus YP4 pertama adalah :
· Ketua : Ir. R. Soejono
· Wakil Ketua : Imam Soeparno
· Anggota : Mochamad Amin
· Anggota : Drs. Amdarto
· Anggota : M. Djuaedi
Dengan terbitnya Undang-Undang Nomor 11 Tahun 1992 tentang Dana Pensiun serta peraturan pelaksanaannya, Direksi Perusahaan Umum Pelabuhan selaku Pendiri YP4 sepakat menyesuaikan nama YP4 menjadi DANA PENSIUN PERUSAHAAN PELABUHAN DAN PENGERUKAN (DP4) dengan PT Pelindo II (Persero) selaku Pendiri Dana Pensiun dengan Mitra Pendiri adalah PT Pelindo I (Persero), PT Pelindo III (Persero), PT Pelindo IV (Persero) dan PT Rukindo (Persero).
Peraturan Dana Pensiun DP4 pertama kali ditetapkan dengan Keputusan Direksi PT PELINDO II (Persero) Nomor HK.56/2/35/PI.II-1997 tanggal 14 Oktober 1997 dan disahkan oleh Menteri Keuangan dengan keputusan Nomor KEP.743/KM.17/1997 tanggal 30 Desember 1997 yang berlaku t.m.t 1 Januari 2008 telah dicatat dalam Buku Daftar Umum Dana Pensiun Nomor 97.01.00282.DPPK dan diumumkan dalam LEMBARAN NEGARA RI Nomor 6 Tahun 1998 (Tambahan Berita Negara RI tanggal 3 Februari 1998 Nomor 10).
Peraturan Dana Pensiun DP4 telah mengalami beberapa kali perubahan, sebagai berikut:
a. Perubahan pertama sesuai Keputusan Direksi PT PELINDO II (Persero) Nomor HK.56/1/10/PI.II-02, Perubahan ini mendapat pengesahan dari Menteri Keuangan dengan Keputusan Nomor KEP-248/KM.6/2002 tanggal 12 April 2002.
b. Perubahan kedua sesuai Keputusan Direksi PT PELINDO II (Persero) Nomor HK.56/4/18/PI.II-09 tanggal 23 Juli 2009 yang mendapat pengesahan dari Menteri Keuangan dengan Keputusan Nomor KEP- 159/ KM.10/2010 tanggal 15 Maret 2010.
c. Perubahan terakhir sesuai Keputusan Direksi PT PELINDO II (Persero) Nomor HK.56/4/5 /PI.II-13 tanggal 16 Juli 2013 yang mendapat pengesahan dari Dewan Komisioner Otoritas Jasa Keuangan dengan Keputusan No. KEP-432/NB.1/2013 tanggal 2 Agustus 2013.